微藻的脂肪含量也很高，检测得到20种微藻脂肪含量大都超过15%，其中金藻门的含量一般均在20%以上且所含的脂肪酸中有很大一部分为多不饱和脂肪酸，它们是许多水产养殖生物幼体存活和发育的必需脂肪酸，如硅藻门含有丰富的二十碳五烯酸EPA，金藻门含有丰富的二十二碳六烯酸DHA藻类还含丰富的。

水体富营养化对于生态环境具有严重的危害， 而藻类水华现象就是其中之一蓝藻在大量生长的同时， 其次级代谢产物藻毒素也在水体环境中大量积聚， 从而对环境中的各种生物构成威胁在水产养殖的水体中，蓝藻大量繁殖以及死亡藻类的分解，消耗大量溶解氧，可以导致水体缺氧甚至无氧状态，易导致养殖水体发生泛塘。